DAE ने हमेशा राष्ट्रीय स्तर पर सहयोग को बढ़ावा दिया है और अपनी फंडिंग एजेंसियों के ज़रिए अपने काम के दायरे के अनुसार रिसर्च के लिए फ़ंडिंग दी है। फ़ंडिंग एजेंसियों ने मिलकर काम करने के तरीके पर ज़ोर दिया है, जिसमें हर प्रोजेक्ट में मुख्य इन्वेस्टिगेटर के अलावा DAE का एक मुख्य सहयोगी भी शामिल होता है। HBNI के बनने के बाद, HBNI और अलग-अलग संस्थानों व विश्वविद्यालयों के बीच सहयोग के औपचारिक समझौते करके एकेडमिक संस्थानों के साथ सहयोग को और मज़बूत किया गया है। HBNI ने नीचे दिए गए संस्थानों/विश्वविद्यालयों के साथ औपचारिक समझौता ज्ञापन (MoU) पर हस्ताक्षर किए हैं।

	संस्थान
1	Indian Institute of Science, Bangalore
2	Indian Institute of Technology, Bombay
3	Indian Institute of Technology, Kharagpur
4	Indian Institute of Technology, Kanpur
5	Indian Institute of Technology, Madras
6	Indian Institute of Technology, Indore
7	Indian Institute of Technology, Roorkee
8	Institute of Chemical Technology, Mumbai
9	Chennai Mathematical Institute, Chennai
10	Jadavpur University, Kolkata
11	Jawaharlal Nehru University, New Delhi
12	Panjab University, Chandigarh
13	Tata Institute of Fundamental Research, Mumbai
14	University of Calicut, Calicut
15	The Commissariat a I'energie atomique et aux energies alternatives, France*
16	Defence Institute of Advance Technology, Pune
17	Confederation of Indian Industry (CII), Mumbai
18	Indian Institute of Management (IIM), Ahmedabad
19	Indian Institute of Technology (IIT), Delhi
20	Indian Institute of Technology (IIT), Jammu
21	Indian Institute of Technology (IIT), Guwahati
22	Jawaharlal Nehru Centre for Advanced Scientific Research(JNCASR), Bangalore
23	AIC RRCAT PI-HUB FOUNDATION (AIC π-Hub), INDORE
24	Indian Institute of Technology (IIT), Hyderabad
25	AIC-IPR Plasmatech Innovation Foundation(AIC-IPR), Gandhinagar
26	AIC BARC Anushakti Foundation, Mumbai
27	AIC IGCAR Fast Foundation, Anupuram
28	Indian Institute of Technology (IIT), Gandhinagar

* It is under the renewal process.